Juan María Nasceu em Zamora (Castela e Leão, Espanha) em 1974. Depois de estudar piano na sua cidade natal, mudou-se para Barcelona, onde se formou no Conservatório Liceo sob a orientação dos professores Josep Maria Mas Bonet (órgão) e Ramón Coll (piano). Pedrero Frequentou um ciclo de master-classes com o professor Michael Radulescu sobre a obra completa para órgão de Bach, e especializou-se em música ibérica com o professor Mas Bonet. Em França, Juan estudou com François-Henri Houbart, obtendo um Premier Prix de Perfectionnement no Conservatório de Orleans em 1999. Obteve uma bolsa de estudos da Fundação “la Caixa” e do governo francês, permitindo-lhe estudar durante dois anos em Paris com Marie-Claire Alain.

Primeiro prémio no Concours National Inter-Conservatoires de France (Angers, 2000), em 2001-02 Pedrero foi nomeado organista em residência no Sapporo Concert-Hall no Japão. Desde então, realiza regularmente concertos na Europa, Rússia, América e Ásia, em locais como La Madeleine em Paris, Viena Stephansdom, Martinikerk em Groningen, San Simpliciano em Milão, Saint Petersburg Philharmonia, Suntory Hall e Metropolitan Art-Art Espaço em Tóquio, Auditório Nacional de Madrid, catedrais de Basileia, Barcelona, León, Orléans, etc. Juan María participou em festivais de órgão em Aix-en-Provence, Bergen, Bolzano, Halle, Münster, Regensburg, Sion, Ottawa, La Habana, Oaxaca, Quito, Manila, entre outros.

Apresentou-se com orquestras como Sapporo Symphony (Concerto de Poulenc e Sinfonia em Sol menor de Widor), Pacific Music Festival, Kosice Philharmonic, Orquesta Ciudad de Granada, com conjuntos barrocos como Musica Aeterna Bratislava (concertos para tecla de Bach, Handel, C. Ph. E. Bach e J. Haydn), e colaborou com solistas como Hopkinson Smith ou Maria Cristina Kiehr.Fez gravações em órgãos históricos na Espanha e no órgão Kern no Sapporo Concert Hall, bem como para rádio e televisão (NHK, Canal ARTE, Rádio Nacional de Espanha).

Desde 2004, Juan é professor de órgão no Conservatório de Granada. Também é membro da Academia Real de Belas Artes de Granada e diretor artístico da Academia Internacional de Órgão, que é realizada todos os anos em setembro. Obteve um mestrado em Musica Hispânica na Universidade de Valladolid. Com a musicóloga Agueda Pedrero Encabo colaborou na edição das Piezas & Tocatas do organista espanhol do século XVIII José Elías. Em 2019 foi co-fundador da Academia Internacional de Órgão em Castela, onde ensina música ibérica para órgão, durante o Verão, no relevante conjunto de órgãos históricos da região de Tordesilhas.